В GNOME Commander версии 1.2.8.2 есть баг: если после добавления нового FTP или SSH соединения программа по какой-либо причине завершается аварийно, соединение не сохраняется.
Обходное решение: после добавления нового соединения сохрани его, затем перезапусти GNOME Commander — соединение сохранится корректно. Это избавит от необходимости каждый раз вводить те же данные заново.
В более новых версиях баг, возможно, уже исправлен, но на версии 1.2.8.2 метод работает.